Dear all,
than you for being at the meeting just now.
There is one task that needs to be done by everyone by Monday evening (12.05.2025).
Ulrik prepared a presentation that we just saw:
https://nextcloud.nfdi4immuno.de/apps/files/files/24008?dir=/Task%20Area%20…
The task is now for everyone to go through the slide, and pay special attention to the slides that layout the Working plans.
Please check the components and milestones of these slides as well as the timelines and comment back to
Ulrik, Sebastian B and Sebastian F.
Please let us know components that we missed, milestones that need to be added, or unrealistic long/short timelines.
Also for erveryone: Until our next meeting on Thursday the 15th of May, please create a mock up of the future UI as per liking and how you imagine it.
Looking forward to your comments and mock ups.
Ulrik, Sebastian and Sebastian
Dr. Sebastian Böhm
Institut für Immunologie
___________________________________________
Friedrich-Loeffler-Institut
Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit
Federal Research Institute for Animal Health
Südufer 10 | 17493 Greifswald - Insel Riems
Tel: +49 38351 7 1889
https://www.fli.de/
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Instagram<https://www.instagram.com/loeffler_news>
LinkedIn<https://www.linkedin.com/company/friedrich-loeffler-institut>
Zoom: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1
Meeting-ID: 670 2211 8320
Password: nfdi4imu
host code: 584003
You can find the minutes from our previous calls on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes.
Regular calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
_______________________________________________________________
Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universit?tsklinikum der Ruhr-Universit?t Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha f?r psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer H?fe,
G?stehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ ?rzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Gesch?ftsf?hrung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
_______________________________________________________________
Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere ?bertragungsm?glichkeiten abzusprechen.
Zoom: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1
Meeting-ID: 670 2211 8320
Password: nfdi4imu
host code: 584003
You can find the minutes from our previous calls on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes.
Regular calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universit?tsklinikum der Ruhr-Universit?t Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha f?r psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer H?fe,
G?stehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ ?rzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Gesch?ftsf?hrung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere ?bertragungsm?glichkeiten abzusprechen.
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003).
Please add the NFDI sections and WG you find interesting to: https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/22933
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
If you're unable to attend, please let me know.
Regular joint TA1/TA2 calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
Best,
Ulrik
----
Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
_______________________________________________________________
Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
_______________________________________________________________
Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Dear all
As some of you know, the Data Access and Coordination Office (DACO) of BfArM
held a webinar on recent developments regarding Health DCAT-AP yesterday.
You will find the slide deck on our Nextcloud:
https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/23722
Best, Christian
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58) as a replacement for the May 1st call. You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu).
Tomorrow I am on my way to Copenhagen for another funeral (maybe there is something in the water...) and I will endeavour to join from the train. Still we need someone to protocol the major discussion points and actions from the call.
We have the following updates/FYI/reminders which we will not cover at the call:
- Search portal requirements: What do you want from the search portal? The ideas and requirements will be collected at the coming TA-leads meeting
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Dear all,
Thank you for some great days in Berlin!
the registration for the 2nd NFDI Metadata Workshop in Hannover, June 25-27 June 2025 (Noon to noon) is open: https://www.nfdi.de/2nd-nfdi-metadata-workshop/
Best,
Ulrik
----
Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Dear TA1-2,
As discussed airrflow requires some columns in the samplesheet that have to be present but don’t necessarily have to be filled.
We can’t make these columns optional because they are required for the AIRR Data commons standard, so when we use the functions airr::read_rearrangement it would throw an error otherwise.
I put together a little excel which assigns the samplesheet columns to “required_pipeline” which is whether or not the column must be present and “actually_required” which tells whether or not the column must be filled with sensible values so that the pipeline can run correctly.
Please be in touch if you have further questions or if something is unclear.
Best,
Mark

--
Mark Polster
PhD Student
Quantitative Biology Center (QBiC)
Eberhard Karls Universität Tübingen
Otfried-Müller Straße 37, D-72076 Tübingen
Department of Peptide-based Immunotherapy, Institut of Immunology
University and University Hospital Tübingen
Auf der Morgenstelle 15, D-72076 Tübingen
email: mark.polster(a)qbic.uni-tuebingen.de
http://qbic.life
Dear all,
I have uploaded the version 2 (in lew of a better name) of the metadata model to Metadata model development and validation > 3_Code development > metadata_model_proto-02.xlsx (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/21313).
There are only minor changes as already discussed.
Best,
Ulrik
----
Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne – Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne – Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne – Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte – Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Dear all,
We have tested a zoom call created by Christian Wünsch and it seems to work without a host being present and for Charite.
Please verify that it also works for your institution before I make it our permanent new home.
Zoom: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1
Meeting-ID: 670 2211 8320
Password: nfdi4imu
Thanks!
I have learnt that the name Gründonnerstag is lost in the mist of time, but one explanation is grief as origin (not modern day grief, but some old-germanic seed).
Happy holidays.
Best,
Ulrik
----
Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
