- NFDI4Immuno - TA1 & TA2

INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call

by Stervbo,Ulrik

Dear TA1/2 Members, This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003). You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location. If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every other Thursday 11:00 - 12:00. Feel free to contribute to the agenda for our upcoming meetings by adding your points to our shared agenda document at NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes > 0_Open_agenda.odt (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/30279). Best, Ulrik ---- Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Hölkeskampring 40 44623 Herne Germany Immundiagnostik Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Düngelstr 33 44623 Herne Germany Tel: +49 234 509 590 54 www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin> www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/> _______________________________________________________________ Mitten in der St. Elisabeth Gruppe: St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum, Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel, Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe, Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten, Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk, Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe _______________________________________________________________ Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer Registergericht: HRB 9735 Amtsgericht Bochum St.-Nr.: 325/5894/2251 _______________________________________________________________ Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung: Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc (x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.

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Model/Schema overview

by Stervbo,Ulrik

We will go through the class diagram of the current schema. Zoom: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 Meeting-ID: 670 2211 8320 Password: nfdi4imu host code: 584003 _______________________________________________________________ Mitten in der St. Elisabeth Gruppe: St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum, Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel, Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe, Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten, Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk, Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe _______________________________________________________________ Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer Registergericht: HRB 9735 Amtsgericht Bochum St.-Nr.: 325/5894/2251 _______________________________________________________________ Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung: Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc (x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.

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Suggestion: Thursday Afternoon Q&A on LinkML Model

by Stervbo,Ulrik

Dear Colleagues, To clarify the current LinkML model and address any questions or uncertainties, I suggest a Q&A session. I'll aim to provide clear, concise answers on the model and its design rationale. Given that Friday is a holiday in nine states and I'll be away early next week, Thursday afternoon is the only available window in the near term. Please let me know what time works best for you - I have no commitments that afternoon and am happy to accommodate your schedules. Best, Ulrik ---- Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Hölkeskampring 40 44623 Herne Germany Immundiagnostik Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Düngelstr 33 44623 Herne Germany Tel: +49 234 509 590 54 www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin> www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/> _______________________________________________________________ Mitten in der St. Elisabeth Gruppe: St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum, Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel, Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe, Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten, Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk, Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe _______________________________________________________________ Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer Registergericht: HRB 9735 Amtsgericht Bochum St.-Nr.: 325/5894/2251 _______________________________________________________________ Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung: Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc (x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.

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Upload presentation: How_to_work_with_GitLab_and_LinkML on Nextcloud

by Sebastian Ferrara

Dear colleagues, I have uploaded the presentation: "20251023_How_to_work_with_GitLab_and_LinkML" on Nextcloud under: Common --> Internal Organization --> Education. It would be great if you could also save the screenshots or recordings you made in this folder. I hope it helped you a little. Best, Sebastian

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Mini Workshop GitLab and LinkML

by Sebastian Ferrara

Link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1

5 months, 1 week

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Mini Workshop GitLab and LinkML

by Sebastian Ferrara

Dear colleagues, To help us all work more effectively with GitLab and LinkML, I will show some practical examples that we’ll go through together. To make sure we have enough time for questions, I’ll plan for the session to last 2 hours. Here’s the link to the poll.: https://nuudel.digitalcourage.de/4xAqEEQEeL1e5sjX Best, Sebastian Ferrara

5 months, 1 week

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INFO: TA1/2 Regular call - Summary of today's call

by Stervbo,Ulrik

Dear Colleagues, Here is the summary of today's regular TA1/2 call. Thank you all for the great discussions! Please take a moment to rate the quality of today's call: https://ulrikstervbo.aidaform.com/meeting-quality-feedback. Next call is Thursday October 30 at 11:00. Action Items * Ulrik: Clarify with Christian Busse about regulation regarding external partners (beta-testers) placing human data on NextCloud. Will report to the group at the next meeting. * Metadata people will meet to clarify how to make progress on the metadata schema and appoint responsible lead for each topic (Study, Subject and Sample). Will report to the group at the next meeting. Call Summary * Sebastian Ferrara suggested to organise a workshop or hands on tutorial for working with GitLab and LinkML. The response was positive and circulated a poll after the meeting (https://nuudel.digitalcourage.de/4xAqEEQEeL1e5sjX) * Ulrik presented the reason for and thoughts about how to enable data submission before the full repository is in place. The slides can be found here: https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/33306 * Ferrara asked about automated checks of the data. Ulrik argued that automatic is better for the final product, but that manual curation is easier as a low tech solution. * Böhm asked about legal considerations to human data on NextCloud. Ulrik will check * Lina reported on the research into ISA-Tools. * It is a complete suite of tools to create and validate ISA objects to manage different life science, environmental and biomedical experiments. * We discussed how to proceed with labelling properties in the metadata model not at odds with GDPR to enable search and aggregation. This is handled in search, not needed in schema * Ulrik gave an overview of the status of the development of the different components * We discussed how to overcome the Metadata-model stagnation Backlog Items None Best, Ulrik ---- Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Hölkeskampring 40 44623 Herne Germany Immundiagnostik Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Düngelstr 33 44623 Herne Germany Tel: +49 234 509 590 54 www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin> www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/> _______________________________________________________________ Mitten in der St. Elisabeth Gruppe: St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum, Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel, Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe, Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten, Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk, Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe _______________________________________________________________ Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer Registergericht: HRB 9735 Amtsgericht Bochum St.-Nr.: 325/5894/2251 _______________________________________________________________ Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung: Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc (x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.

5 months, 2 weeks

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INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call

by Stervbo,Ulrik

Dear TA1/2 Members, This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003). You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location. If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every other Thursday 11:00 - 12:00. Feel free to contribute to the agenda for our upcoming meetings by adding your points to our shared agenda document at NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes > 0_Open_agenda.odt (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/30279). Best, Ulrik ---- Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Hölkeskampring 40 44623 Herne Germany Immundiagnostik Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Düngelstr 33 44623 Herne Germany Tel: +49 234 509 590 54 www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin> www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/> _______________________________________________________________ Mitten in der St. Elisabeth Gruppe: St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum, Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel, Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe, Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten, Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk, Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe _______________________________________________________________ Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer Registergericht: HRB 9735 Amtsgericht Bochum St.-Nr.: 325/5894/2251 _______________________________________________________________ Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung: Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc (x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.

5 months, 2 weeks

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INFO: TA1/2 Regular call - Summary of today's call

by Stervbo,Ulrik

Dear Colleagues, Here is the summary of today's regular TA1/2 call. Thank you all for the great discussions! Please take a moment to rate the quality of today's call: https://ulrikstervbo.aidaform.com/meeting-quality-feedback. Next call is Thursday October 16 at 11:00. ## Action Items - Metadata people: Mark properties in metadata model not at odds with GDPR to be made available for searches without being logged into the repository (public search). Will report at next call - Lina: Look at ISA tools to determine if it should be on our radar - Ulrik will send information. Lina will report at next call - Ulrik will connect Baum with SB and CE re TS4NFDI integration project ## Call Summary - BioMed meeting: Attendance by some consortia is reason for changes to the program - CE volunteered together with SB to initiate a TS4NFDI integration project - Lina volunteered to look at ISA tools to see if it is something to keep on our radar - We discussed open questions regarding using GitLab and LinkML - Raised concerns were why and how to even get started - It GitLab truly relevant for all team members - We discussed progress blockers. Vera flagged the need for definition of metadata properties that can safely be made available for searchers without being logged in to the repository. - Updates on backlog items - Front-end related were postponed for later - Closed question about Wagtail for user management as this is considered a thing for TA4 - Technical solutions for privacy: Issues will be created in relevant GitLab repos - Discussion about data - laboratory generated or mocked/synthetic? - A longer discussion focused on rich study metadata and assay data for AIRR-seq. Conclusion: - Synthetic metadata and sequence/FCS data for DRFZ server - Own data for metadata model validation ## Backlog Items None Best, Ulrik ---- Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Hölkeskampring 40 44623 Herne Germany Immundiagnostik Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Düngelstr 33 44623 Herne Germany Tel: +49 234 509 590 54 www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin> www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/> _______________________________________________________________ Mitten in der St. Elisabeth Gruppe: St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum, Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel, Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe, Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten, Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk, Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe _______________________________________________________________ Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer Registergericht: HRB 9735 Amtsgericht Bochum St.-Nr.: 325/5894/2251 _______________________________________________________________ Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung: Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc (x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.

5 months, 4 weeks

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INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call

by Stervbo,Ulrik

Dear TA1/2 Members, This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003). Note: The new meeting cadence is every two weeks. You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location. If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every other Thursday 11:00 - 12:00. Feel free to contribute to the agenda for our upcoming meetings by adding your points to our shared agenda document at NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes > 0_Open_agenda.odt (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/30279). Best, Ulrik ---- Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Hölkeskampring 40 44623 Herne Germany Immundiagnostik Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum Düngelstr 33 44623 Herne Germany Tel: +49 234 509 590 54 www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin> www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/> _______________________________________________________________ Mitten in der St. Elisabeth Gruppe: St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum, Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel, Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe, Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten, Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk, Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe _______________________________________________________________ Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer Registergericht: HRB 9735 Amtsgericht Bochum St.-Nr.: 325/5894/2251 _______________________________________________________________ Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung: Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc (x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.

5 months, 4 weeks

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