Dear Colleagues,
I have updated our Schemapack file. Vera will check in the next few days whether this version aligns with our validation pipeline.
While creating the current version, I noticed the following:
For the following properties with controlled vocabularies, I need a list of vocabularies that we want to define for SP2025. These lists do not need to be anywhere near complete-two or three terms that match our use cases are sufficient. If it is too difficult to define even a few terms for certain properties, then the property should be scheduled for controlled vocabularies in WP2025 instead. I would need to reflect this in the metadata model-my suggestion: controlled vocabularies WP2025.
The properties for which I need a decision are as follows:
study_type_key
study_type_term
data_access_level
subject_type
species
sex
age_unit
human_comorbidities_key
ancestry_keys
ancestry_terms
tissue_term
collection_relative_time_point_unit
For this list, I also need the information on which properties allow null entries.
Once the metadata model for SP2025 is finalized, I will create the final Schemapack version for SP2025.
Best,
Sebastian
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow *Wednesday* from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003).
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
_______________________________________________________________
Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
_______________________________________________________________
Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Hi TA1 & TA2 members,
This hackathon could be of interest to you: https://docs.google.com/document/d/1Z6PFM3HXpg8Hn2vKczk4w4HffZhKkp82t9IpK1c…
Best regards,
Mariama Jaiteh, Ph.D.
Department of Systems Immunology
Helmholtz-Centre for Infection Research GmbH
SCIENCE CAMPUS Braunschweig-Süd
Inhoffenstraße 7, 38124 Braunschweig
________________________________
Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH | Inhoffenstraße 7 | 38124 Braunschweig | www.helmholtz-hzi.de
Vorsitzende des Aufsichtsrates: Frau MinDir'in Prof. Dr. Veronika von Messling, Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt
Stellvertreter: MinDirig Rüdiger Eichel, Niedersächsisches Ministerium für Wissenschaft und Kultur
Wissenschaftlicher Geschäftsführer: Prof. Dr. Josef Penninger - Administrativer Geschäftsführer: Christian Scherf
Gesellschaft mit beschränkter Haftung (GmbH)
Sitz der Gesellschaft: Braunschweig
Handelsregister: Amtsgericht Braunschweig, HRB 477
Unsere Hinweise zum Datenschutz finden Sie hier: https://www.helmholtz-hzi.de/de/service/datenschutz/ <https://www.helmholtz-hzi.de/de/service/datenschutz/>
Dear colleagues,
Here is the summary of todays regular TA1/2 call. Thank you all for the great interactions!
Housekeeping: Böhm will organize and lead next week's meeting.
Search Portal Functionality:
- Ulrik introduced upcoming work on the search portal. A new document will be created to describe its functionality. Everyone is asked to think about:
- What properties users should be able to search for.
- What information is needed to evaluate search results.
- Additional useful search features.
- *>> Action item*: Submit ideas for functionality by Monday evening https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/25339
NFDI4Immuno Website Presentation:
- Charlyn gave a presentation on the current state of the project website.
- There was a discussion about how to best integrate general information and data portal parts.
- General agreement that the space for general information on the NFDI4Immuno Consortium and for the Data Portal can run on completely different backends, but must have same look and feel.
GitLab Project Structure Update:
- Ulrik shared outcomes from a related call:
- GitLab will be used to register and manage Products, Components, Deliverables, Milestones, and tasks.
- Component responsibilities will be assigned.
- The goal is to improve coordination across TAs.
- Four main products identified:
1. Portal Infrastructure
2. Training & Outreach
3. Data
4. Tools
Winter Product 2025 Timeline:
- Discussion focused on infrastructure needs. A server is required to support the development of the submission pipeline by the coding groups in TA1/TA2. Coordination with TA4 is pending.
- Clarifying questions were raised. No objections to the timeline was voiced.
Backlog (Not Discussed Today)
- Better coordination between groups (Ulrik, Katherina).
- Participation in NFDI Sections, task forces, and working groups (Ulrik).
Action items
- *All*: Submit search portal functionality ideas by Monday evening via https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/25339.
Please review the action items and let me know if there are any questions or additional points to discuss at the next call.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
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Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Dear all,
The May 25 deadline for defining our work for the Winter Product 2025 is rapidly approaching. To prepare and enable discussion at our regular call on Thursday I have create the updated timeline as a file on NextCloud (TA1/WP25 timeline.odt; https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/25095).
Our aim for Thursday is to approve the timeline - with defined modification if necessary, so we can pass it on for mapping of inter TA dependencies by May 25.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
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Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Dear all,
I took the liberty and placed the data portal UI mock-ups in the folder '4_Data portal UI development'.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
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Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
Dear all,
Below is a summary of today's call.
- Conference: GRC-IB 2025
- Discussed the upcoming GRC-IB 2025 Bioinformatics Conferences, scheduled for September 10-12.
- Action Item: Everyone is requested to check the conference program. Our aim is to send 1 or 2 participants from TA1/2.
- UI Mockup:
- Lina presented initial mockup of the data portal UI.
- Question by Daniel: Should we have a data set management page?
- @Daniel: I didn't get all your ideas, can you send them to Lina?
- Lina is the sole Data Portal UI mock-up group member and will report every 2 weeks.
- We discussed different mock-up tools, if needed we'll see if we can get a license.
- GitLab Project Structure Setup Meeting on Friday:
- Ulrik, Böhm, Katherina will participate
- Update Feedback Timeline WP25:
- Ulrik gave an update on the comments to the time line presented last week.
- Ulrik presented his idea for using the milestone deadlines as options to take stock of the progress on ambitious timeline to reach the desired WP25.
Action Items
- *Everyone*: Check the GRC-IB conference program and consider participation.
- *Everyone*: Think about strategies to improve coordination between groups.
- *Daniel*: Send ideas to Lina (lina.alasfar(a)dhzc-charite.de).
I have added a Group 4 with the suggested aims to the Overview.docx:
- Outline user interaction in different situations (like search, data access, data access management).
- Create mock-up of the data portal UI for different situations.
Please review the action items and let me know if there are any questions or additional points to discuss at the next call.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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44623 Herne
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Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
-----Ursprünglicher Termin-----
Von: Bruns, Andreas <Andreas.Bruns(a)med.uni-heidelberg.de<mailto:Andreas.Bruns@med.uni-heidelberg.de>>
Gesendet: Donnerstag, 15. Mai 2025 16:08
An: Bruns, Andreas; NFDI ELSA Section; Working Group Ethics (NFDI)
Betreff: [Section-ELSA] NFDI ELSA Working Group Ethics
Zeit: Mittwoch, 18. Juni 2025 13:00-14:30 (UTC+01:00) Amsterdam, Berlin, Bern, Rom, Stockholm, Wien.
Ort: https://uni-koeln.zoom.us/j/94139503223?pwd=Y2dLQW5HT1hYZGkrbzhpdEJjMlFSZz09
Dear ELSA members,
[Apologies for cross-posting.]
I would like to invite you to the next meeting of our Working Group Ethics on 18 June from 13:00-14:30.
In the meantime, if you have any questions or topics concerning the Working Group that you'd like to bring forward, feel free to get in touch.
Kind regards,
Anderas Bruns (GHGA)
-----
Join Zoom Meeting
https://uni-koeln.zoom.us/j/94139503223?pwd=Y2dLQW5HT1hYZGkrbzhpdEJjMlFSZz09
Meeting ID: 996 6278 3535
Password: 389845
Zoom: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1
Meeting-ID: 670 2211 8320
Password: nfdi4imu
host code: 584003
You can find the minutes from our previous calls on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes.
Regular calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
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