Updates to GitLab
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
I have created a number of project on Gitlab:
- NFDI4Immuno > Utilities > linkml-demo: Excursion into the different properties in LinkML
- NFDI4Immuno > Utilities > linkml-diagram: The tool to create ER and class diagrams
- NFDI4Immuno > portal-infra > metadata-schema: The LinkML schema. Contains a number of linting and consistency checks as unit tests
**'metadata-schema'**
- The project use a main branch for production code and a development branch we merge feature branches into. This is to ensure stable releases that will not break running code.
- There is a wiki in 'metadata-schema' which contains auto-generated LinkML schema documentation and diagrams.
- The continuous integration (CI) in 'metadata-schema' runs unit tests, and when merging into the development branch the following stages are executes
- Create Excel template and push to NextCloud
- Create documentation and diagrams (by way of linkml-diagram)
- Publish documentation and diagrams to Wiki
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
_______________________________________________________________
Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
_______________________________________________________________
Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
10 hours, 22 minutes
Flow cytometry metadata model - Nextcloud
by Sebastian Ferrara
Hi,
The flow cytometry metadata model from Gesa Krüger can be found here:
1_Data model development --> Flowcytometry_Metadata_Model
Best,
Sebastian F
3 days, 15 hours
INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call
by Stervbo,Ulrik
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 – 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003).
Note: The new meeting cadence is every two weeks.
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow’s call is stored at the same location.
If you’re unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every second Thursday 11:00 – 12:00.
Feel free to contribute to the agenda for our upcoming meetings by adding your points to our shared agenda document at NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes > 0_Open_agenda.odt (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/30279).
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne – Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
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www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
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Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte – Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
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St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
5 days, 2 hours
Metadata schema on Gitlab
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
Summary: metadata schema is on Gitlab and a template is uploaded to NextCloud.
As discussed Monday I have finalised the metadata schema in LinkML and pushed it to GitLab.
I try to push the excel template from Gitlab to NextCloud but it raises some internal error. Not sure what's going on there.
I have manually uploaded a version of the template generated with LinkML. The template includes the draft of flow cytometry.
I can't merge the flow cytometry branch, because it breaks the linting checks which expects only one schem. The fix seems straight forward.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne – Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne – Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
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Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne – Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte – Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
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Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
5 days, 8 hours
Reminder: BioMed Interoperability Meeting
by Böhm, Sebastian
Dear all,
I hope you had a wonderful summers break!
This is just a kind reminder to our BioMed Interoperability meeting tomorrow at 13:00 o'clock.
We have the pleasure to hear a presentation about the Arc registry-search with keywords from Florian Wetzels,
And can discuss afterwards the usage of their system for our problem of interoperability and searchability.
Looking forward seeing you there.
Best wishes,
Sebastian
Dr. Sebastian Böhm
Institut für Immunologie
___________________________________________
Friedrich-Loeffler-Institut
Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit
Federal Research Institute for Animal Health
Südufer 10 | 17493 Greifswald - Insel Riems
Tel: +49 38351 7 1889
https://www.fli.de/
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Instagram<https://www.instagram.com/loeffler_news>
LinkedIn<https://www.linkedin.com/company/friedrich-loeffler-institut>
Von: Böhm, Sebastian <Sebastian.Boehm(a)fli.de>
Gesendet: Dienstag, 22. Juli 2025 12:07
An: anandhi.iyappan <anandhi.iyappan(a)embl.de>; Daniel Conde <daniel-juan.sivizaca-conde(a)charite.de>; florian.heyl <florian.heyl(a)dkfz.de>; josh <josh(a)openmicroscopy.org>; karoline.mauer <karoline.mauer(a)dzne.de>; Koepler, Oliver <Oliver.Koepler(a)tib.eu>; koray.kirli <koray.kirli(a)dkfz-heidelberg.de>; kuebra.narci <kuebra.narci(a)dkfz.de>; Luiz.Gadelha <Luiz.Gadelha(a)dkfz-heidelberg.de>; Maja Magel <mmagel(a)ukaachen.de>; Mallm, Jan-Philipp <j.mallm(a)dkfz-heidelberg.de>; martin.golebiewski <martin.golebiewski(a)h-its.org>; mschulze <mschulze(a)dife.de>; Naouel Karam <karam(a)infai.org>; NFDI TA1&2 (nfdi4immuno-ta1-2(a)lists.nfdi.de) <nfdi4immuno-ta1-2(a)lists.nfdi.de>; NFDI4Health-TA2 <TA2(a)nfdi4health.de>; Noriko Cassmann <noriko.cassman(a)gmail.com>; Roman Baum <baum(a)zbmed.de>; Susanne Kunis <sukunis(a)uos.de>; sven.nahnsen <sven.nahnsen(a)uni-tuebingen.de>; usax <usax(a)med.uni-goettingen.de>; Vorisek, Carina Nina <carina-nina.vorisek(a)bih-charite.de>
Betreff: [nfdi4immuno-ta1+2] BioMed Interoperability Meeting
Dear all,
thank you very much for voting.
As there are many people on summer vacation,
we will have our next Meeting on the 3rd of September.
The invite has just been circulated.
I wish you all a great summer time and we'll see us in September.
Best wishes,
Sebastian
Dr. Sebastian Böhm
Institut für Immunologie
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Friedrich-Loeffler-Institut
Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit
Federal Research Institute for Animal Health
Südufer 10 | 17493 Greifswald - Insel Riems
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LinkedIn<https://scanmail.trustwave.com/?c=4477&d=jof_6HDPnZG05ZYr-fE-WiHYgdvzgos5...>
5 days, 12 hours
Need meeting moderator for Thursday call
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
As announced during our last call, I am unable to attend the regular call on Thursday. That means we need someone to conduct the meeting, take notes, and handle other moderator duties. CW is on vacation and will not be able to attend either.
I will still send the reminder on Wednesday.
Best,
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
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44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
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Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
6 days, 20 hours
