INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call
by Stervbo,Ulrik
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58) as a replacement for the May 1st call. You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu).
Tomorrow I am on my way to Copenhagen for another funeral (maybe there is something in the water...) and I will endeavour to join from the train. Still we need someone to protocol the major discussion points and actions from the call.
We have the following updates/FYI/reminders which we will not cover at the call:
- Search portal requirements: What do you want from the search portal? The ideas and requirements will be collected at the coming TA-leads meeting
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
_______________________________________________________________
Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
_______________________________________________________________
Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
2 weeks, 6 days
2nd NFDI Metadata Workshop: Registration open
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
Thank you for some great days in Berlin!
the registration for the 2nd NFDI Metadata Workshop in Hannover, June 25-27 June 2025 (Noon to noon) is open: https://www.nfdi.de/2nd-nfdi-metadata-workshop/
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
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Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
3 weeks, 4 days
Airrflow metadata integration
by Mark Polster
Dear TA1-2,
As discussed airrflow requires some columns in the samplesheet that have to be present but don’t necessarily have to be filled.
We can’t make these columns optional because they are required for the AIRR Data commons standard, so when we use the functions airr::read_rearrangement it would throw an error otherwise.
I put together a little excel which assigns the samplesheet columns to “required_pipeline” which is whether or not the column must be present and “actually_required” which tells whether or not the column must be filled with sensible values so that the pipeline can run correctly.
Please be in touch if you have further questions or if something is unclear.
Best,
Mark

--
Mark Polster
PhD Student
Quantitative Biology Center (QBiC)
Eberhard Karls Universität Tübingen
Otfried-Müller Straße 37, D-72076 Tübingen
Department of Peptide-based Immunotherapy, Institut of Immunology
University and University Hospital Tübingen
Auf der Morgenstelle 15, D-72076 Tübingen
email: mark.polster(a)qbic.uni-tuebingen.de
http://qbic.life
3 weeks, 4 days
Metadata Model vProto-02
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
I have uploaded the version 2 (in lew of a better name) of the metadata model to Metadata model development and validation > 3_Code development > metadata_model_proto-02.xlsx (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/21313).
There are only minor changes as already discussed.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
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Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
1 month
Please verify new meeting link
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
We have tested a zoom call created by Christian Wünsch and it seems to work without a host being present and for Charite.
Please verify that it also works for your institution before I make it our permanent new home.
Zoom: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1
Meeting-ID: 670 2211 8320
Password: nfdi4imu
Thanks!
I have learnt that the name Gründonnerstag is lost in the mist of time, but one explanation is grief as origin (not modern day grief, but some old-germanic seed).
Happy holidays.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
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1 month
Probleme mit DFN - bitte Zoom nutzen
by Stervbo,Ulrik
oin Zoom Meeting
https://elisabethgruppe.zoom.us/j/84408169865
Meeting ID: 844 0816 9865
Passcode: 95777227
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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1 month
INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call
by Stervbo,Ulrik
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following link: https://conf.dfn.de/webapp/#/?conference=979176819. The PIN is 7570 (host pin: 7579).
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
If you're unable to attend, please let me know. Please note: Next call will be Wednesday Apr 30; 11:00 - 12:00.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
1 month
WG: Informatik-Festival 2025 in Potsdam | Call for Papers: Data-Science-Community-Workshop am 16.09.2025
by Stervbo,Ulrik
FYI
Von: Hennig, Christine <christine.hennig(a)fokus.fraunhofer.de>
Gesendet: Dienstag, 15. April 2025 15:11
An: nfdi-all(a)lists.nfdi.de
Betreff: [NFDI-all] Informatik-Festival 2025 in Potsdam | Call for Papers: Data-Science-Community-Workshop am 16.09.2025
Liebe Alle,
auch dieses Jahr treffen sich die Kolleginnen und Kollegen der Data Science- und Digital Science Community im Rahmen des INFORMATIK-FESTIVAL 2025<https://informatik2025.gi.de/> in Potsdam.
Für den 16. September organisieren wir in enger Abstimmung zwei Halbtagsworkshops, die sich thematisch hervorragend ergänzen und zu denen wir Sie und Euch hiermit herzlich einladen möchten. Wir würden uns freuen, wenn Sie/Ihr an einem der beiden – oder idealerweise sogar an beiden Workshops – teilnehmt und einen Beitrag einreicht!
Unsere beiden Workshops sind:
Data-Science-Community Workshop 2025
Aktuelle Entwicklungen und Perspektiven (an Hochschulen) im Bereich Data Science.
Eingeladen sind Vertreter:innen verschiedener Initiativen, die sich mit Data und Digital Science in Studium, Weiterbildung und Forschung befassen, dazu gehören auch die vom BMBF geförderten Datenkompetenzzentren oder einschlägigen NFDI-Initiativen.
Der Workshop dient als Plattform für den Austausch über Erfahrungen, Konzepte, Best Practices und innovative Lösungsansätze – mit dem langfristigen Ziel, eine nachhaltige Zusammenarbeit innerhalb der Community zu fördern.
Workshop RDSC: Research Data and Software Competencies
The workshop will focus on two key areas:
1) identifying essential research data and software competencies, and
2) exploring best practices for enhancing development of these competencies among researchers.
The workshop targets participants (from early career to senior researchers and practitioners) involved in research data, research software management, and related fields. This specifically includes experts involved in different NFDI consortia and data literacy centers.
09:00 – 12:30 Uhr
14:00 – 18:00 Uhr
Call for papers:
https://www.dsc-ub.de/GI-data-science-workshop-2025.php
Call for papers:
https://events.hifis.net/event/2272/
WICHTIGE DATEN
15.05.2025 Einreichungsfrist für Beiträge
05.06.2025 Mitteilung über Annahme der Beiträge
15.06.2025 Einreichungsfrist für überarbeitete Beiträge
16.09.2025 Workshop auf der INFORMATIK 2025 <https://informatik2025.gi.de/programmuebersicht.html> in Potsdam
16.09.2025 Workshop auf der INFORMATIK 2025<https://informatik2025.gi.de/> in Potsdam
Session Chairs
Dr. Lena Steinmann
Tel.: +49 (421) 218 - 63941
E-Mail: lena.steinmann(a)uni-bremen.de<mailto:lena.steinmann@uni-bremen.de>
Dr. Helen Pfuhl
Tel.: +49 (431) 880 - 1499
E-Mail: hpfuhl(a)dsc.uni-kiel.de<mailto:hpfuhl@dsc.uni-kiel.de>
Session Chairs
Prof. Dr. Sonja Schimmler
E-Mail: sonja.schimmler(a)tu-berlin.de<mailto:sonja.schimmler@tu-berlin.de>
Dr. Evgenia Samoilova
Tel.: +49 (331) 977-213-875
E-Mail: evgenia.samoilova(a)uni-potsdam.de<mailto:evgenia.samoilova@uni-potsdam.de>
Viele Grüße,
Christine
Christine Hennig
Koordinatorin NFDI4DataScience
Fraunhofer Institut für Offene Kommunikationssysteme FOKUS
Geschäftsbereich DPS
Kaiserin-Augusta-Allee 31
10589 Berlin, Germany
Telefon +49 30 3463-7287
Christine.Hennig(a)fokus.fraunhofer.de<mailto:Christine.Hennig@fokus.fraunhofer.de>
http://www.fokus.fraunhofer.de<http://www.fokus.fraunhofer.de/>
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1 month
Fwd: [nfdi4immuno-ta4] Overall architecture of NFDI4Immuno services
by Christian Busse
Dear TA1+2
FYI, you are also invited to comment ;-)
Best, Christian
---------- Forwarded Message ----------
Subject: [nfdi4immuno-ta4] Overall architecture of NFDI4Immuno services
Date: Tuesday, 2025-04-15 15:00:41 CEST
From: Christian Busse <christian.busse(a)dkfz-heidelberg.de>
To: nfdi4immuno-ta4(a)lists.nfdi.de
Dear all
As discussed in our last meeting, here is the first draft of the overall
architecture of NFDI4Immuno services. We will dissect this in detail
next week, but please feel free to comment already now.
https://miro.com/welcomeonboard/
bVkwYUtzY3JUVklyMkFsbkNvb3hBWkx1MjAza2h2aFlDWmZyZ3FZZmZLdWlodFkwMW5jRjNiSGdja1lsTlVsd1hLWTg2ajIvaDQ5aFFHZG0rS2RJd1hQSE1yRnlvVzhqdnpTc000ZWl0SUVrQnErOVk4YURyUEh4SWtwNU5rVm9hWWluRVAxeXRuUUgwWDl3Mk1qRGVRPT0hdjE=?
share_link_id=764291785494
Best, Christian
-----------------------------------------
1 month
Link All-Hands presentation
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
Here is the link to the all hands presentation: https://1drv.ms/p/c/67c974251e7d3cf0/EYf1nRFCiR9Ou4wOnR8m_G8BdRHD7EG9Y7wW...
Please let me know if there are any issues.
I have also added the presentation and link to the Doing tasks in the _OverviewDoc.docx on NextCloud.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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1 month
