INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call
by Stervbo,Ulrik
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following link: <https://conf.dfn.de/webapp/#/?conference=979176819>. The PIN is 7570 (host pin: 7579).
Please let me know if you are unavailable tomorrow.
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > Call minutes (<https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608>). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
Regular joint TA1/TA2 calls are every Thursday 11:00 - 12:00.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
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Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
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2 months, 3 weeks
Re: Ihr Feedback ist gefragt: TEHDAS work on EHDS Article 51 health categories
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
The deadline for feedback on the EHDS electronic data guidelines is this Friday. Please complete these short surveys before our Thursday call. We can then discuss feedback at our regular call with the idea, that we as NFDI4Immuno may provide a collective feedback if needed.
Here are the links again:
Biobank Data
- Health data from biobanks: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat6_2ndround
Genomic, Molecular and Pathogen Data
- Data on pathogens: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround1
- Human genetic/genomic data: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround2
- Other human molecular data: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround3
Best,
Ulrik
Von: Stervbo,Ulrik
Gesendet: Dienstag, 18. Februar 2025 11:23
An: NFDI4Immuno All Members (nfdi4immuno-all(a)lists.nfdi.de) <nfdi4immuno-all(a)lists.nfdi.de>
Betreff: WG: Ihr Feedback ist gefragt: TEHDAS work on EHDS Article 51 health categories
Dear Colleagues,
Please find below a list of surveys from TEHDAS2, who are developing common guidelines and technical specifications for implementation of the European Health Data Space (EHDS).
Most relevant for us are probably the parts:
- Biobank Data
- health data from biobanks and associated databases: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat6_2ndround
- Genomic, Molecular and Pathogen Data
- Data on pathogens that impact human health: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround1
- Human genetic, epigenomic and genomic data: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround2
- Other human molecular data such as proteomic, transcriptomic, metabolomic, lipidomic and other omic data: https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround3
The surveys close on February 28.
Best,
Ulrik
Von: healthdcat-ap <healthdcat-ap(a)bfarm.de<mailto:healthdcat-ap@bfarm.de>>
Gesendet: Montag, 17. Februar 2025 10:00
An: healthdcat-ap <healthdcat-ap(a)bfarm.de<mailto:healthdcat-ap@bfarm.de>>
Betreff: Ihr Feedback ist gefragt: TEHDAS work on EHDS Article 51 health categories
Sehr geehrte Damen und Herren,
wir möchten Sie darüber informieren, dass im Rahmen der TEHDAS-Workshopreihe zu den Kategorien von Gesundheitsdaten gemäß Artikel 51 EHDS die Definitionen auf der Grundlage Ihres Feedbacks aktualisiert wurden.
Sie sind nun herzlich eingeladen, an der zweiten Befragungsrunde teilzunehmen:
The Joint Action TEHDAS (second Joint Action Towards the European Health Data Space, www.tehdas.eu<http://www.tehdas.eu>) Work Package 5 organised working groups to discuss the Minimum categories of electronic data for secondary use as listed in Article 51 of the EHDS Regulation<https://eur-lex.europa.eu/legal-content/EN/TXT/PDF/?uri=CONSIL:PE_76_2024...>. This work is designed to provide input for EHDS-guidelines for health data holders, focusing on clarification on the categories of health data in scope of the EHDS.
We have updated the full text definitions based on your input and would like you to review and provide examples through the surveys we have developed. The surveys stay open until February 28.
Date
Topic
Article 51 category
Survey link
November 19, 2024
Administrative Health Data
(c) aggregated data on healthcare needs, resources allocated to healthcare, the provision of and access to healthcare, healthcare expenditure and financing
(e) healthcare-related administrative data, including dispensation, claims, and reimbursement data
(j) data on professional status, and on the specialisation and institution of health professionals involved in the treatment of a natural person
https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat1_2ndround
November 26, 2024
Registries & Research Data
(k) data from population-based health data registries such as public health registries
(l) data from medical registries and mortality registries
(p) data from research cohorts, questionnaires and surveys related to health, after the first publication of the related results
https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat2_2ndround
November 29, 2024
Electronic Health Records & Clinical Data
(a) electronic health data from EHRs
(m) data from clinical trials, clinical studies, clinical investigations and performance studies subject to Regulation (EU) No 536/2014, Regulation (EU) 2024/1938 of the European Parliament and of the Council, Regulation (EU) 2017/745 and Regulation (EU) 2017/746
https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat3_2ndround
January 7, 2025
Socio-Economic, Environment and Behavioural Determinants
(b) data on factors impacting on health, including socio-economic, environmental and behavioural determinants of health
https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat4_2ndround
January 10, 2025
Medicinal Products & Devices Registries
(h) personal electronic health data automatically generated through medical devices
(i) data from wellness applications
(n) other health data from medical devices
(o) data from registries for medicinal products and medical devices
https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat5_2ndround
January 14, 2025
Biobank Data
(q) health data from biobanks and associated databases.
https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat6_2ndround
January 17, 2025
Genomic, Molecular and Pathogen Data
(d) data on pathogens that impact human health
(f) human genetic, epigenomic and genomic data
(g) other human molecular data such as proteomic, transcriptomic, metabolomic, lipidomic and other omic data
This survey is split for the different categories:
* d) Data on pathogens that impact human health<https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround1>
* f) Human genetic, epigenomic and genomic data<https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround2>
* g) Other human molecular data such as proteomic, transcriptomic, metabolomic, lipidomic and other omic data<https://ec.europa.eu/eusurvey/runner/TEHDAS_Health_Cat7_2ndround3>
Herzlichen Dank für Ihre Teilnahme!
Beste Grüße
Ihre
Datenzugangs- und Koordinierungsstelle
Abteilung 6, Innovationsmanagement, Geschäftsstellen
Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte
Kurt-Georg-Kiesinger-Allee 3
53175 Bonn
Telefon: +49 (0)228-99307-0
Internet: https://www.bfarm.de<https://www.bfarm.de/>
Wenn Sie möchten, können Sie jederzeit aus unserem Verteiler austreten. Dazu reicht eine formlose E-Mail an healthdcat-ap(a)bfarm.de<mailto:healthdcat-ap@bfarm.de>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
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Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
2 months, 3 weeks
REMINDER: Review 'focus_areas_and_milestones.docx'
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
Please do not forget to read and comment on focus area definition document for the three sub groups we've created to handle the three areas of metadata model development, the schema creation and submission validation. The aim of the document is to ensure we all have a similar understanding of who is responsible for what, thereby preventing duplication of work.
You can find the document here: `Task Area 1 > Metadata model development and validation > focus_areas_and_milestones.docx`, or access it directly via: https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/12019.
We will finalize the discussion of the responsibilities of the groups at our regular TA1/2 call on Thursday.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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2 months, 3 weeks
BioMed Metadata Interoperability Meeting February
by Böhm, Sebastian
Dear all,
thank you very much for the quick meeting yesterday.
The protocol for this meeting can be found on Nextcloud and attached as pdf,
For the ones that do not yet have access to NextCloud.
Connecting the information about the consortia and our group members,
we currently have the following status:
Immuno
GHGA
Health
Microbiota
BioImage
Biodiversity
Sebastian Böhm
Anandhi Iyapp.
Carina Vorisek
Josh Moore
Naouel Karam
Sebastian Ferr.
Karoline Mauer
Martin Gobl.
Vera Bockhorn
Luiz Gadelha
Ulrich Sax
Ulrik Stevbro
Kuebra Narci
Matth. Schulze
Katherina Siew.
Florian Heyl
Lucas Barone
Sven Nahnsen
Please let me know if I forgot anyone or someone needs to be added or wants to be removed.
If from every consortia one member could please prepare a <= 15 minutes walkthrough to their metadata set
and present the "minimal essential metadata" (explanation at the bottom, and please send them to me before the meeting)
on the next meeting in March, that would be great.
Please let me know until March the 10th who that would be for your consortia.
As well it was asked about the option to meet in person for some fruitful discussion.
Since NFDI4Immuno is already meeting in Berlin end of April, we thought about the possibility to annex those.
Please find here a short Nuudel-poll to vote for or against the meeting and the according timeslot:
https://nuudel.digitalcourage.de/il6wzr3uECRVZJmh<https://scanmail.trustwave.com/?c=4477&d=1OK15w7SBywiUPyCOxzEK-pXASBKT_2L...>
Please indicate your availability within the next 14 days (6th March), as we would need to organise the meeting swiftly.
Time and day for the next meeting will stay the same, so we will meet again on the 19th of March.
Have a great time until then and don't forget the above tasks.
Best wishes,
Sebastian
*MEM: Minimal set of Metadata that would be needed to identify the availability of a dataset regarding e.g. a certain disease.
Dr. Sebastian Böhm
Institut für Immunologie
___________________________________________
Friedrich-Loeffler-Institut
Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit
Federal Research Institute for Animal Health
Südufer 10 | 17493 Greifswald - Insel Riems
Tel: +49 38351 7 1889/1602
https://www.fli.de/
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Instagram<https://www.instagram.com/loeffler_news>
LinkedIn<https://www.linkedin.com/company/friedrich-loeffler-institut>
2 months, 3 weeks
Tomorrow's TA1/2 call
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
Since a number of people are unable to join tomorrow's TA1/2 call, we decided last week to hold an unstructured call instead. This format allows anyone who needs it to join and discuss their topics freely.
Please use the regular platform: https://conf.dfn.de/webapp/#/?conference=979176819, PIN: 7570 (host pin: 7579)
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
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Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
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Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
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Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
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HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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2 months, 4 weeks
BioMed Metadata group Meeting; coming Wednesday
by Böhm, Sebastian
Dear all,
as promised, I am getting in touch with you regarding the next BioMed MetaData meeting.
This will take place on Wednesday 19.02.2025: 13:00-14:00.
We will try to further organise ourselves, in order to cover all necessary consortias,
and efficiently drive the further harmonisation attempts further.
Looking forward seeing you there,
Sebastian
Via the below details or attached outlook element:
Thema: BioMed Metadata Meeting
Zeit: 19.Feb. 2025 13:00 Amsterdam, Berlin, Rom, Stockholm, Wien
An Zoom-Meeting teilnehmen
https://eu01web.zoom.us/j/68893539747?pwd=Tbq2twXPGNbpRGRbIBK4cocmdBCW5o.1
Meeting-ID: 688 9353 9747
Kenncode: 869058
---
Schnelleinwahl mobil
+496938079883,,68893539747#,,,,*869058# Deutschland
+496950502596,,68893539747#,,,,*869058# Deutschland
---
Einwahl nach aktuellem Standort
* +49 69 3807 9883 Deutschland
* +49 695 050 2596 Deutschland
* +49 69 7104 9922 Deutschland
Meeting-ID: 688 9353 9747
Kenncode: 869058
Ortseinwahl suchen: https://eu01web.zoom.us/u/cec1ppUnsw
---
Über SIP beitreten
* 68893539747(a)fr.zmeu.us
---
Über H.323 beitreten
* 159.124.15.191 (Amsterdam
* Niederlande)
* 159.124.47.249 (Deutschland)
Meeting-ID: 688 9353 9747
Kenncode: 869058
Dr. Sebastian Böhm
Institut für Immunologie
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Friedrich-Loeffler-Institut
Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit
Federal Research Institute for Animal Health
Südufer 10 | 17493 Greifswald - Insel Riems
Tel: +49 38351 7 1889/1602
https://www.fli.de/
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Instagram<https://www.instagram.com/loeffler_news>
LinkedIn<https://www.linkedin.com/company/friedrich-loeffler-institut>
3 months
WG: [NFDI-all] Einladung zum Online-Workshop zu Helpdesk-Basisdienst
by Stervbo,Ulrik
Dear all,
just checking – did anyone, who signed up to the NFDI-all (https://lists.nfdi.de/postorius/lists/nfdi-all.lists.nfdi.de/) also received this email.
Best,
Ulrik
Von: Judith Engel <Judith.Engel(a)uni-bremen.de>
Gesendet: Freitag, 14. Februar 2025 13:15
An: nfdi-all(a)lists.nfdi.de
Betreff: [NFDI-all] Einladung zum Online-Workshop zu Helpdesk-Basisdienst
---- English version below ----
Liebe Kolleginnen und Kollegen,
derzeit arbeiten wir an einem Antrag für einen NFDI-Basis-Dienst zur FDM-Helpdesk-Vernetzung, in dem wir uns mit dem Konzept einer zentralen Anlaufstelle mit verschiedenen sozio-technischen Komponenten und der Vernetzung bestehender Beratungsstellen beschäftigen wollen. Wir bauen damit auf die Arbeit in der Working Group RDM Helpdesk Network<https://www.nfdi.de/section-edutrain/working-group-rdm-helpdesk-network/> der Sektion Edutrain auf. Unsere Vorüberlegungen und Konzepte möchten wir in einem Online-Workshop am 27. Februar zwischen 9 - 12 Uhr vorstellen und diskutieren. Melden Sie sich gerne hier an: https://events.gfbio.org/event/58/
Haben Sie Fragen?
Für Rückfragen stehen Ihnen folgende Kontaktpersonen gerne zur Verfügung:
Judith Engel: Judith.Engel(a)uni-bremen.de<mailto:Judith.Engel@uni-bremen.de>
Kilian Hensen: Kilian.Hensen(a)uni-koeln.de<mailto:Kilian.Hensen@uni-koeln.de>
Marina Lemaire: marina.lemaire(a)uni-trier.de<mailto:marina.lemaire@uni-trier.de>
Hela Mehrtens: hmehrtens(a)geomar.de<mailto:hmehrtens@geomar.de>
Ralph Müller-Pfefferkorn: ralph.mueller-pfefferkorn(a)tu-dresden.de<mailto:ralph.mueller-pfefferkorn@tu-dresden.de>
Marcus Schmidt: Marcus.Schmidt(a)zalf.de<mailto:Marcus.Schmidt@zalf.de>
Martha Stellmacher: martha.stellmacher(a)slub-dresden.de<mailto:martha.stellmacher@slub-dresden.de>
Lukas Weimer: weimer(a)sub.uni-goettingen.de<mailto:weimer@sub.uni-goettingen.de>
—————————————
Dear colleagues,
currently, we are preparing an application for a BASE4NFDI funded Helpdesk Service initiative focusing on a concept of a central contact point with various socio-technical components. This includes networking the existing RDM support infrastrucures, building on the achievements within the RDM Helpdesk Network working group<https://www.nfdi.de/section-edutrain/working-group-rdm-helpdesk-network/>. We would like to present and discuss our preliminary considerations and concepts in an online workshop on February 27, 9:00 a.m. to 12:00 noon. Plesae register here: https://events.gfbio.org/event/58/
Do you have any questions? For further inquiries, please feel free to contact us!
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INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call
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Please let me know if you are unavailable tomorrow.
We have the following updates/FYI/reminders which we will not cover at the call:
Here are some updates and reminders that we will not discuss during the call:
## Email lists
- We have a mew common list for TA1/2 (this). All emails sent to the previous TA1 list are now rejected (a meaningful rejection message is sadly not possible)
- Please subscribe to the NFDI-all list using https://lists.nfdi.de/postorius/lists/nfdi-all.lists.nfdi.de/
- List management and overview is easier is you sign up - https://lists.nfdi.de
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