INFO: TA1/2 Regular call - Summary of today's call
by Stervbo,Ulrik
Dear Colleagues,
Here is the summary of today's regular TA1/2 call. Thank you all for the great discussions! Please take a moment to rate the quality of today's call: https://ulrikstervbo.aidaform.com/meeting-quality-feedback.
Next call is Thursday Nov 13 at 11:00.
Action Items
No action items
Call Summary
* Ulrik gave an update on using NextCloud as Data Deposit: Contracts need to be made and signed before data can be deposited.
* Falk gave an update on re-grouping around the metadata model development
* Theme owners are
* Study: Heike Uhlemann
* Subject: Christian Wünsch
* Sample: Sebastian Böhm
* Lina gave an update on the excellent Front-end mock up, discussion on front-end vs API Gateway/Back-end separation ensued and was tabled for a separate call at it is of special interest
* Ulrik gave a brief overview of metadata model classes and structures
* CW raised suggestions about file organisation
* SB raised suggestions for overall model composition
* The topics were tabled due to lack of time and the relative narrow scope of the topic
Backlog Items
No backlogged items
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Hölkeskampring 40
44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
44623 Herne
Germany
Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
_______________________________________________________________
Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
_______________________________________________________________
Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
3 months, 3 weeks
Model/Schema overview
by Stervbo,Ulrik
We will go through the class diagram of the current schema.
Zoom: <https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1> https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1
Meeting-ID: 670 2211 8320<tel:67022118320>
Password: nfdi4imu
host code: 584003<tel:584003>
_______________________________________________________________
Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
_______________________________________________________________
Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
_______________________________________________________________
Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
3 months, 3 weeks
INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call
by Stervbo,Ulrik
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003).
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every other Thursday 11:00 - 12:00.
Feel free to contribute to the agenda for our upcoming meetings by adding your points to our shared agenda document at NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes > 0_Open_agenda.odt (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/30279).
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
Center for Translational Medicine, Immunology, and Transplantation
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
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44623 Herne
Germany
Immundiagnostik
Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum
Düngelstr 33
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Tel: +49 234 509 590 54
www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin<http://www.marienhospital-herne.de/TranslationaleMedizin>
www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Geschäftsführung: Dr. Sabine Edlinger, Simone Lauer
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
3 months, 3 weeks
Model/Schema overview
by Stervbo,Ulrik
We will go through the class diagram of the current schema.
Zoom: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1
Meeting-ID: 670 2211 8320
Password: nfdi4imu
host code: 584003
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Mitten in der St. Elisabeth Gruppe:
St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Registergericht:
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
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Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
3 months, 3 weeks
Suggestion: Thursday Afternoon Q&A on LinkML Model
by Stervbo,Ulrik
Dear Colleagues,
To clarify the current LinkML model and address any questions or uncertainties, I suggest a Q&A session. I'll aim to provide clear, concise answers on the model and its design rationale.
Given that Friday is a holiday in nine states and I'll be away early next week, Thursday afternoon is the only available window in the near term.
Please let me know what time works best for you - I have no commitments that afternoon and am happy to accommodate your schedules.
Best,
Ulrik
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Dr. rer. nat. Ulrik Stervbo
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www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
3 months, 3 weeks
Upload presentation: How_to_work_with_GitLab_and_LinkML on Nextcloud
by Sebastian Ferrara
Dear colleagues,
I have uploaded the presentation: "20251023_How_to_work_with_GitLab_and_LinkML" on Nextcloud under:
Common --> Internal Organization --> Education.
It would be great if you could also save the screenshots or recordings you made in this folder. I hope it helped you a little.
Best,
Sebastian
3 months, 3 weeks
INFO: TA1/2 Regular call - Summary of today's call
by Stervbo,Ulrik
Dear Colleagues,
Here is the summary of today's regular TA1/2 call. Thank you all for the great discussions! Please take a moment to rate the quality of today's call: https://ulrikstervbo.aidaform.com/meeting-quality-feedback.
Next call is Thursday October 30 at 11:00.
Action Items
* Ulrik: Clarify with Christian Busse about regulation regarding external partners (beta-testers) placing human data on NextCloud. Will report to the group at the next meeting.
* Metadata people will meet to clarify how to make progress on the metadata schema and appoint responsible lead for each topic (Study, Subject and Sample). Will report to the group at the next meeting.
Call Summary
* Sebastian Ferrara suggested to organise a workshop or hands on tutorial for working with GitLab and LinkML. The response was positive and circulated a poll after the meeting (https://nuudel.digitalcourage.de/4xAqEEQEeL1e5sjX)
* Ulrik presented the reason for and thoughts about how to enable data submission before the full repository is in place. The slides can be found here: https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/33306
* Ferrara asked about automated checks of the data. Ulrik argued that automatic is better for the final product, but that manual curation is easier as a low tech solution.
* Böhm asked about legal considerations to human data on NextCloud. Ulrik will check
* Lina reported on the research into ISA-Tools.
* It is a complete suite of tools to create and validate ISA objects to manage different life science, environmental and biomedical experiments.
* We discussed how to proceed with labelling properties in the metadata model not at odds with GDPR to enable search and aggregation. This is handled in search, not needed in schema
* Ulrik gave an overview of the status of the development of the different components
* We discussed how to overcome the Metadata-model stagnation
Backlog Items
None
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Ulrik
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St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Registergericht:
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St.-Nr.: 325/5894/2251
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Wir bitten wegen der aktuellen Virenangriffe um folgende Beachtung:
Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
Kontakt auf, um andere Übertragungsmöglichkeiten abzusprechen.
4 months
INFO: Friendly reminder about tomorrow's TA1/TA2 call
by Stervbo,Ulrik
Dear TA1/2 Members,
This is a friendly reminder about our joint TA1/TA2 call scheduled for tomorrow from 11:00 - 12:00 (11:58). You can join the call using the following zoom link: https://uni-ms.zoom-x.de/j/67022118320?pwd=cE6Q1Jd0R5c6D8ha608NBK06j13y0F.1 (Meeting-ID: 670 2211 8320; Password: nfdi4imu; host code: 584003).
You can find the call minutes on the NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/1608). The agenda for tomorrow's call is stored at the same location.
If you're unable to attend, please let me know. Regular joint TA1/TA2 calls are every other Thursday 11:00 - 12:00.
Feel free to contribute to the agenda for our upcoming meetings by adding your points to our shared agenda document at NFDI4Immuno NextCloud under Task Area 1 > 0_Call minutes > 0_Open_agenda.odt (https://nextcloud.nfdi4immuno.de/f/30279).
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www.babel-lab.de<http://www.babel-lab.de/>
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St. Anna Hospital Herne, Marien Hospital Herne - Universitätsklinikum der Ruhr-Universität Bochum,
Marien Hospital Witten, Rheumazentrum Ruhrgebiet, St. Marien Hospital Eickel,
Medizinische Reha für psychische Gesundheit, St. Elisabeth Stift Herne, Senioreneinrichtungen Widumer Höfe,
Gästehaus St. Elisabeth, Ambulante Pflege, MVZ Ärzte - Herne | Wanne | Witten,
Lukas Hospiz Herne, St. Elisabeth Hospiz Witten, Bildungszentrum Ruhr, Bildungswerk,
Campus der St. Elisabeth Gruppe, Kinder in der St. Elisabeth Gruppe
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Aufsichtsratsvorsitzender: Dr. Hans Willmes
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Registergericht:
HRB 9735 Amtsgericht Bochum
St.-Nr.: 325/5894/2251
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Das Sicherheitskonzept der St. Elisabeth Gruppe erlaubt momentan keine Zustellung von .doc
(x) und .xls(x) Dateien! Schicken Sie Dokumente nur in Form von .pdf Dateien oder nehmen Sie
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4 months, 1 week
